Das Zentrum für Protonentherapie (ZPT) am Paul Scherrer Institut ist ein Pionier auf dem Gebiet der Protonentherapie und betreibt technologische sowie klinische Forschung mit dem Ziel, die Protonenstrahltherapie kontinuierlich zu optimieren und das Indikationsspektrum weiterzuentwickeln. Neben den Forschungsaktivitäten bietet das ZPT ein klinisches Behandlungsprogramm für Patientinnen und Patienten an, deren Indikationen vom Schweizer Gesundheitssystem anerkannt sind. Das Zentrum arbeitet eng mit Instituten und Zentren an Universitäten sowie Schweizer Kantonsspitälern zusammen.
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Das Zentrum für Protonentherapie arbeitet multidisziplinär und multinational und pflegt eine enge Zusammenarbeit mit dem Anästhesieteam des Kinderspitals Zürich sowie weiteren Instituten und Zentren.